Được ví như Hạ Long cạn của vùng Ninh Bình, quần thể xuyên thuỷ động Tràng An có gần 100 động khô và nước, đến với động khô bằng đường núi và thăm các động nước bằng thuyền. Xuất phát từ bến đò chính, đi thăm hết các thung (hồ nước ngọt) và động cũng phải mất 3 giờ đồng hồ ngồi thuyền.

Nằm ở trung tâm của quần thể danh thắng Tràng An, khu du lịch Tràng An có diện tích hơn 2 nghìn ha, là một vùng núi non hùng vĩ, tráng lệ được tạo bởi các thế núi muôn hình vạn trạng soi bóng xuống những dòng suối nhỏ quanh co, uốn khúc nối liền hàng trăm hang động, các thung lũng hoang sơ, kỳ bí.

Khu du lịch Tràng An có quần thể hang động như: Hang Ba Giọt, hang Địa Linh, hang Tối, hang Sáng, hang Ao Trai, hang Seo... và các thung lũng như: thung đền Trần, thung Mây, thung Nấu Rượu, thung Khống... các hang xuyên thủy dài và đẹp được khai thác sẽ làm cho du khách ngỡ ngàng. Tất cả dường như hòa quyện vào nhau tạo nên một không gian kỳ thú.

Với 48 hang xuyên thủy động, đây là quần thể hang động có một không hai ở Việt Nam. Một hệ thống gần 30 thung nước ngọt, thung rộng nhất là thung Đền Trần, thung nhỏ nhất là thung Sáng. Mỗi thung là một bức tranh sơn thủy hữu tình. Nước thung sâu và trong xanh in bóng vạn vật cùng mây núi.

Bến đò Tràng An với hàng nghìn con đò đang xếp hàng đợi khách, có một vài con đò rẽ sóng đưa du khách đi thăm thủy động. Đò dừng chặng đầu tiên ở đền Trình, đây là một ngôi đền nhỏ ép mình vào vách núi, sau khi thăm đền, du khách lại tiếp tục hành trình đến hang Tối. Qua một khúc quanh, trước mặt du khách là quả núi cao hàng trăm mét nhưng bên dưới là một cái hang dài hơn 300m xuyên thẳng qua núi, đây là hang thấp nhất và hơi khó đi. Qua hang Tối là đến thung Sáng, được bao quanh bởi những ngọn núi cao và có bốn cửa hang ăn thông từ bốn phía.

Từ thung Sáng, qua hang Sáng, thì đến một thung rất rộng nữa là thung Lồng Vài. Thung này 4 phía có 4 cửa hang là hang Sáng, hang Nấu Rượu, hang Ba Giọt. Hang Nấu Rượu là vì trong hang có nguồn nước ngọt trong và nhiều dấu tích của đồ sành nấu rượu trong lòng hang. Đường vào hang ẩn sau đám lau sậy rồi qua thung Nấu Rượu, thung đẹp nhất và có một đường lên đỉnh núi, có nhiều chòi gỗ dừng chân ngắm cảnh dọc theo những bậc đá. Nếu thích leo bộ, từ thung này thuyền cập bến cây bàng, trèo qua vài quả núi đá và phải mất ít nhất 2 giờ đồng hồ bạn mới vào thung Đền Trần, thung lớn nhất của cả khu vực. Đền Trần là một ngôi miếu cổ nằm sâu trong vùng núi đá Tràng An, được dựng vào đời Trần, gần 800 năm trước.

Rời thung Đền Trần, ngược thung Lồng Vài, thuyền lại đến hang Ba Giọt, hang này thông qua thung Sáng, rồi vào hang Seo, hang Sơn Dương và thung Khống, lên thăm đền Phủ Khống. Đây là nơi thờ 7 vị đại thần đã tự sát để chứng tỏ lòng trung thành với vua Đinh khi đất nước lâm nạn. Du khách sẽ có cơ hội được tận mắt trông thấy cây thị nghìn năm tuổi từ thời Đinh, tỏa bóng ôm trọn ngôi phủ thờ... Theo những người trông đền thì cây thị này ra hai loại quả cùng một lúc, một loại tròn và một loại dẹt nhưng đều có mầu vàng và mùi thơm ngào ngạt mỗi khi chín.